漕运，旧时指国家将征自田赋的部分粮食，通过水道运往京师或其他指定地点的运输方式，供应京城使用、百官俸禄、或接济军需等。通过这种方式运输的粮食称为漕粮。

漕运起源很早，从秦始皇北征匈奴，至唐、宋、元、明、清历代均重视漕运，并建立了完善的漕运仓储制度。

清代的漕运制度最初全部全部沿袭明朝旧制，有正兑、改兑、改征、折征等许多种类，这四种是漕运的主要部分。其中运往京师各仓的，称为正兑米，定额三百三十万石。运往通州粮仓的，称为改兑米，定额七十万石。将漕粮粟米改为黑豆、小麦等其他品种征收，称为改征。凡是改征都出于皇帝特旨，没有固定的规定。折征分为四种：一为永折米，二为灰石米折，三为减征，四为民折官办。永折漕粮，将漕粮折算成银，山东、河南每石米折银六钱至八钱不等；江苏每石米折银六钱；安徽每石米折银五钱至七钱不等；湖南、湖北每石米折银七钱。这些折纳的银两一律归入地丁银项内，上报户部。

正兑、改兑、改折之外，又有所谓截漕和拨运。各省截留的漕船介于起运与停运之间，截留后，行粮（行程中临时增加的补助部分）和月粮（按月发给漕船运军的生活费）是否照旧发给运丁，向来没有定例。所谓拨运，就是截留山东、河南运往蕲州的漕粮，拨充作陵寝宫（山海关内翼东地区的清代陵墓）以及驻防兵的军粮。

各省之征收漕粮，向来都是运军与百姓直接进行交接兑给，运军往往勒索骚扰百姓。顺治九年，改为官府征收官府兑给，酌情确定给予运兵的赠贴银米，随漕粮一起征收，由官府支给运军。

轻赍银，开始于明代中叶。因为各个粮仓兑运，需要发给运兵路费，征收耗米时，兑运米或用盖板刮平斛面称“平米”，或高出斛面成尖堆状称“锐米”，这样一平一锐，其锐米酌量取一部分随船作耗（即作为漕运中备沿途盘剥之路费），其余的都要折成银两，名为“轻赍”。

清代沿袭了这一制度，每年正兑米一石，江西、两湖各省加征耗米四斗六升或六斗六升，锐米都为一斗。加耗米四斗六升者，将三斗随船作耗，而以连锐米二斗六升折成白银一钱三分；加耗六斗六升者，将四斗随船作耗，而以连锐米三斗六升折成白银一钱八分，称为“三六轻赍”。江苏、安徽每石加征耗米五斗六升，锐米一斗，除四斗随船作耗，剩余的二斗六升米折成白银一钱三分，称为“二六轻赍”。山东、河南每石加征耗米三升，锐米一斗，除二斗五升随船作耗外，剩余的一斗六升米折成白银八分，称为“一六轻赍”。改兑只有耗米，从三斗二升到一斗七升不等，只给本色随船作耗，而将存贮的二升米换成一分白银，称为“折易轻赍”。都是每升折为五厘白银，送交仓场通济库。

康熙四十七年，命令每年江南等省上交的轻赍银三十八万四千两，除去山东、河南、湖广、江西、浙江、江南等省上交的二十四万六千九百多两后，剩余的仍然留在通济库使用，江苏、松江粮道所管辖地区上交的十三万七千余两白银，直接上交户部。如果仓场所存银两不足，可以请求户部调拨。不久分拨苏州、松江粮道上交的轻赍银五万两，交通济库备用。用此项轻赍银，按规定可以兑漕运、通济仓粮以辅佐运务，此外有席、木、竹、板等物随船运输，都要随漕粮一起交纳，其尺寸长短广狭，都有规定。

清朝初年，押运漕粮的官吏，斟酌参考明朝制度。总管漕运事务的官员为漕运总督，驻守淮南，下面分别辖有粮储道。监兑押运则有同知、通判等官员率领。粮道，山东、江安、苏松、江西、浙江、湖北、湖南各有一个，掌管一省的粮食储备，管辖有关部门的军卫，遴选委托运输的各帮官员，责令各府清军官聚集运弁佥选运军。兑运完毕后，粮道官员要亲自督运到淮安，不得委托副职官员代为押运。如有紧急军务等特殊情况，必须向本省督抚和漕运总督提出申请，才准许委派官员代理执行。

天下承平日久，漕运弊端逐渐增多。东南地区输纳漕粮的百姓，受运弁旗丁的盘剥之苦，但却控告无门，而运弁旗丁之所以如此也是出于迫不得已。如漕船到达通州后，向仓院、粮厅、户部云南司等处投递文书，每艘漕船需要花费十两白银，由保证人负责上递，但保证人却要另外索取三两白银。至于通过河坝，则有委员旧规、伍长常例、上斛下荡等各种费用，每艘漕船又需要缴纳十两白银。漕粮进入粮仓，则有仓管常例和书吏等以各种名目进行索取，又花费几十两白银。这是到达通州所遭受的盘剥之苦。等到漕船通过淮安时，又有积歇摊派吏书陋规以及投文过堂等种种费用。综合计算，每帮漕需花费五六百两或者一千两不等的白银，这是通过淮安的苦处。

乾隆五十年以后，由于黄河屡经开挖用以灌溉田地，河道日益淤积，河道变浅以后，反而要增加雇佣役夫拖搁浅漕船的费用，每次通过紧要的闸坝，动辄需要数百人牵拉，浅河道既长，运粮期限又紧迫，丁夫役力疲困。虽经总督巡抚这些封疆大吏悉心调理整顿，无奈积弊已深，也没有起到很好的效果。

嘉庆十六年，洪泽湖泄水过多，运河变浅甚至干涸，因此命令江苏、浙江两省封疆大吏兼带筹划海运之策。两江总督勒保等人共同上奏海运不可以实行的十二个原因，皇帝也认为没有百利不变法的主张，从此，海运事宜暂停办理。

道光四年，南河总督辖下的黄河水骤然高涨，高堰决口，自高邮、宝应到清江浦，河道变浅，漕运受阻，漕船转运牵引十分困难，于是海运的议论又重新兴起。协办大学士、户部尚书英和上奏建议说：“治理国家的制度实行长久了就会出现缺陷，出现了缺陷则必然要变革。河道既然阻塞不通，重吨位运输中途停止，河漕不能兼顾，只能暂时停止河运来治理河道，雇佣招募海船以利于运输，虽然这是一时的权宜之计，但实在是目前最紧急的事情。被阻滞的漕粮如果全部实行垒造大坝用剥船运转的方法，那么百姓将十分劳苦而费用不能节省，暂且雇佣海船分运部分漕粮，那么百姓将得到休息而生计可以得到缓解，国家承平日久，往来于东吴（泛指苏浙沿海地区）与辽海之间，与内地没有差异。现在以商运来判断海运，则对暴风不必疑惧，対盗贼不必忧虑，漕粮也没有受潮变质以及受人为侵蚀的祸患。以商运代替官运，政府就不必制造舟船，不必招募运丁，不必担心运价。至于屯军的安置，仓胥的稽查，河务的张弛，全部由人来决定。何况借黄河水救助漕运有弊病，垒造大坝也没有比海运更方便的了。”皇帝下诏仍将英和奏章批给有漕运任务的各省封疆大吏讨论。当时琦善为两江总督，陶澍为安徽巡抚，都奏请将苏州、松江、常州、镇江、太仓四府一州的米粟全部改由海运。

道光五年，皇帝命令在上海设海运总局，并在天津设海运局。次年正月将苏州、松江、常州、镇江与太仓四府一州漕粮共一百六十三万三千余石分二批载运北上。漕船从黄浦江出发，经吴淞口东向大海，行四千余里达天津收兑局验米交收。

咸丰元年，户部尚书孙瑞珍奏请河运、海运一起实行。苏州、松江、常州、镇江与太仓四府一州的漕粮和白粮，请求一律改为海运。浙江漕粮改由海运有许多障碍，请求仍按旧章实行漕运，皇帝同意了此项奏请。咸丰五年，黄河在铜瓦厢决口，改由张秋镇进入大清河，挟带汶河水一起东流，运河河道愈发阻塞不行，从此漕运主要改经海路。咸丰九年，浙江巡抚杨昌濬关于浙江省来年新漕粮的运输，斟酌拟定了十四条海运章程，皇帝批交给户部讨论执行。

同治七年，因为天津大沽的河面比较狭隘，经常出现沉船失米的危险，于是在大沽增设海运外局。

至光绪年，恢复河运和依靠海运之间，朝廷为此一直徘徊不定。光绪二十六年，因八国联军挑起战争，慈禧太后与皇帝出逃西行，将漕运局转移到汉口，请讲改设分局，这一年南方漕粮改用火车由天津运送到京师。

庚子赔款后使清政府的财政陷入极度困难，多方开源节流以度危机，于是想废除征漕运漕，光绪二十七年七月，诏曰：“漕政日久弊生，层层剥蚀，上耗国库，下抑民生。当次时势艰难，财用匮乏，亟宜力除靡费，逐加整顿。着自本年为始，直省河运、海运，一律改征折色。责成各督抚等认清厘，节省局费运费等项，悉数归公，听候户部拨用。并查明各州县向来征收浮责，责令和盘托出，悉数归公，以期汇成巨款。”

光绪二十八年，户部议定本年江苏、浙江的漕粮，完全由招商局轮船承运，宣布废除各省的漕运屯田，裁撤所领运官及服务于运河的各河道官员。

光绪三十一年，将漕运总督一职撤废。

至此，除少部分漕米仍保持本色折收外，历代相沿的河运漕粮制度彻底结束。